La existencia de sal en Añana se explica por el fenómeno geológico denominado diapiro. En líneas generales, consiste en la ascensión hacia la superficie terrestre de materiales más antiguos debido a su menor densidad, del mismo modo que una burbuja de aire inmersa en aceite tiene un movimiento ascendente. El agua de lluvia caída sobre el diapiro atraviesa las capas de sal, aflorando de nuevo a la superficie en forma de salmuera. El conjunto de los manantiales existentes en Añana aportan un caudal medio de 3 litros por segundo, con una salinidad media superior a 250 gramos por litro. Mucho, en comparación con las aguas del Océano Atlántico con unos 36 g de sal por L, pero no llegando a los niveles de unos 350 g/l del Mar Muerto.
Por el valle brotan cuatro arroyos de salmuera, dos de los cuales fueron privados durante muchos años.
La explotación está documentada desde el año 822. Estas salinas junto con las Salinas de Poza de la Sal, se encuentran entre las más importantes del norte de la península ibérica.
Hasta la revolución de los sistemas de enfriamiento mecánicos, la sal era un producto muy codiciado, hasta el punto de ser conocida como el “oro blanco” de la época preindustrial. Esto se debía a sus muchas utilidades (como la conservación de alimentos) y a su escasez, ya que hasta la explotación minera de los yacimientos subterráneos su producción estaba limitada a las salinas costeras y a las zonas de interior donde existían manantiales salinos. Se llegó a utilizar como forma de pago en época romana, siendo este el origen del término salario.
En la Edad Media las Salinas de Añana florecieron con el mercadeo de la sal.
En la época de máximo esplendor había en el valle más de cinco mil plataformas de evaporación que, en total, ocupaban una superficie de 95.233 m².
Debido a diversas circunstancias, como pueden ser la introducción de mejoras en las salinas costeras o la revolución de los transportes con la instalación del ferrocarril, las salinas entraron en una fase de declive que culminó con su abandono a mediados del siglo XX. Esta situación llevo a que una buena parte de las eras se encuentren actualmente hundidas. Sin embargo, el creciente interés de la sociedad por su patrimonio motivó a las instituciones públicas a impulsar un Plan Director para la recuperación integral del conjunto. Fueron declaradas Monumento histórico.